Colegio de San Juan de Letrán započeo je tako što je sebe nazvao "Colegio para mestizos", a stvoren je 1548. godine, na inicijativu poluotočnih Španjolaca koji su vidjeli porast broja mestiza rođenih u Novoj Španiji kojima je bilo potrebno obrazovanje.
Colegio de San Juan de Letrán započeo je tako što je sebe nazvao "Colegio para mestizos", a stvoren je 1548. godine, na inicijativu poluotočnih Španjolaca koji su vidjeli porast broja rođenih mestiza u Novoj Španiji kojima je bilo potrebno obrazovanje.
Da bi osnovali ovu instituciju, nisu tražili dozvolu potkralja Antonija de Mendoze, već su poslali predstavnika u Španjolsku da od kralja dobije odobrenje, a za spomenutu misiju imenovan je Don Gregorio de la Pesquera. Ova odgovorna osoba dobila je Kraljevsko uverenje o ovlašćenju izdato 18. avgusta 1548. U svojim počecima, Koledž je od rudarstva, privatnih priloga i milostinje dobio igru od 600 hiljada pezosa.
Predvodila su ga tri svećenika: rektor i dva vijećnika, rektor je mogao izdržati godinu dana na svom mjestu, a zatim bi ostala dvojica mogla zauzeti župni dvor. Čitali su hrišćansku doktrinu, a potom su se napredniji studenti ohrabrivali da idu na fakultet.
Škola je propala krajem 18. stoljeća, preživjela je do Neovisnosti i 1821. godine dobila je veliki poticaj, ali je konačno nestala 1857. Smještena je na staroj Calle de San Juan de Letrán između sadašnje Calle de Venustiano Carranza i Madera na pločniku koji je bila je okrenuta prema istoku ispred samostana u San Franciscu koji je zauzimao cijelu ulicu.