Rođen u Ozumbi, država Meksiko, 1737. godine, prihvatio je vjersku karijeru i zaređen za svećenika u dobi od dvadeset godina.
Uprkos filozofskom obrazovanju, od malih nogu se bavi znanjem i primjenom prirodnih nauka, fizike, matematike i astronomije. Objavljuje vrijedna djela o naučnim temama u novinama i časopisima svog vremena. Stekao je međunarodni ugled i imenovan je za odgovarajućeg partnera Pariške akademije nauka. Provodi veći dio svog vremena provodeći naučne eksperimente i okuplja ogromnu biblioteku. Sakupljač je arheoloških predmeta i rijetkih primjeraka biljaka i životinja. Istražite Xochicalco. Da bi mu se poklonili, 1884. godine osnovano je Naučno društvo Antonio Alzate, koje je 1935. postalo Nacionalna akademija nauka. Njegovo najpoznatije uredničko djelo su bilješke drevne istorije Meksika jezuita Francisca Javiera Clavijera. Kaže se da je daleki rođak Sor Juane Inés de la Cruz. Umro je u Mexico Cityju 1799.
