Izgrađena na padinama brežuljaka, urbana struktura ovog grada morala se prilagoditi topografskim aspektima terena, iako je pokušavala poštovati retikularni oblik poput šahovske ploče.
Ovaj aspekt dugoročno mu je omogućio da raste na odmjeren i skladan način, koji je kroz stoljeća sačuvao svoj izvorni karakter. Njegov je temelj nastao iz potrebe da zaštiti i zaštiti putnike koji su tranzitirali između Zacatecasa i glavnog grada tadašnje kraljevine Nove Španije, prevozeći uglavnom minerale i koji su bili opkoljeni od autohtonih nomada države Chichimeca. Oko 1542, Fray Juan de San Miguel osnovao je u blizini današnjeg grada grad s imenom Itzcuinapan, posvetivši Arhangela San Miguela zaštitnikom. To primitivno stanovništvo imalo je ozbiljnih problema s vodosnabdijevanjem, uz kontinuirane i nasilne napade autohtonih Chichimeca iz okolnih regija. Iz tog razloga stanovnici vile de San Miguel preselili su naselje nekoliko kilometara sjeveroistočno; to je bilo mjesto gdje će 1555. godine, na zahtjev potkralja Don Luisa de Velasca, vilu de San Miguel el Grande osnovati don Ángel de Villafañe. Zamjenik je također zatražio da se tamo nasele španjolski susjedi kojima će biti dodijeljena zemlja i stoka, dok će autohtonim ljudima koji su u njoj živjeli oprostiti danak i njima će upravljati njihovi poglavari kako bi izbjegli buduće pobune.
Osmog marta 1826. Državni kongres ga je pretvorio u grad i promijenio ime, koje će odsada biti San Miguel de Allende, u čast slavnog pobunjenika koji je tamo rođen 1779. godine.
Unutar ove atraktivne kolonijalne slike smješteno je nekoliko zaista izvanrednih palača tog doba. Među najistaknutijim su Općinska palača, nekadašnja vijećnica sagrađena 1736. godine. Kuća u kojoj je rođen Ignacio Allende, primjer barokne arhitekture grada, posebno na njegovoj fasadi, a koja je trenutno Regionalni muzej. Kanal Casa del Mayorazgo de la Canal, s prekrasnom neoklasičnom fasadom, dovršio je krajem 18. stoljeća José Mariano de la Canal y Hervas, stariji čovjek, dekan i kraljevski zastavnik. Stara kurija Don Manuela T. de la Canala, građevina iz 1735. godine, koja je obnovljena prema projektu slavnog španskog arhitekte Don Manuela Tolse 1809. godine; Trenutno se u zgradi nalazi Institut Allende i ističe širinu svojih unutrašnjih dvorišta, prekrasne kapelice i izvanredne arkade. Kuća inkvizitora, koja je služila kao rezidencija povjerenika Svete kancelarije, a datira iz 1780. godine. Kuća Marqués de Jaral de Berrio, sagrađena krajem 18. stoljeća, i kuća grofova Loja s elegantnom fasadom.
Što se tiče religiozne arhitekture, grad se može pohvaliti i arhitektonskim blagom od izuzetne vrijednosti, poput crkve i samostana Santo Domingo, trezvene zgrade iz 1737. godine. Samostan Leal de la Concepción, koji je trenutno Kulturni centar, To je izvanredna zgrada zbog svog velikog dvorišta; Sagradio ga je u 18. stoljeću arhitekta Francisco Martínez Gudlño.
Kapela Santa Cruz del Chorro, jedna od najstarijih; hram Trećeg reda iz ranog sedamnaestog vijeka. Prekrasna cjelina hrama i oratorija San Felipe Neri, s početka 18. vijeka; crkva ima bujnu baroknu fasadu izrađenu u ružičastom kamenolomu ukrašenu jakim autohtonim utjecajem. Njegova unutrašnjost ima raznoliku i bogatu dekoraciju između namještaja, skulptura i slika vrijednih divljenja, pored sjajne kapele Santa Casa de Loreto i njene Camarín de la Virgen, obje izvrsno uređene i zasluge za predanost markiza Manuela Tomás de la Canal. U blizini oratorija nalazi se hram Gospe od Zdravlja, sagrađen u 18. stoljeću sa udubljenom fasadom okrunjenom velikom školjkom.
Takođe je među najatraktivnijim u gradu hram San Francisca iz 18. vijeka s prekrasnom fasadom Churrigueresque, a poznata župa gotovo je simbol San Miguela de Allendea; Iako je novija gradnja u neogotičkom stilu sagrađena na strukturi starog hrama iz 17. stoljeća, poštujući u potpunosti njegovu unutrašnjost i prvobitni plan.
U neposrednoj blizini grada nalazi se svetište Atotonilco, građevina iz 13. stoljeća trezvenih proporcija koja izgleda poput tvrđave i unutar koje su sačuvane vrijedne slike iz istog stoljeća.
