Rođen u Comu u Italiji 1702. godine plemenitog rođenja. U Španiji, gdje stiže bježeći od austrijskog rata, dobiva široka ovlaštenja za prikupljanje penzije Moctezuminih potomaka u kraljevskom Cajas-u u Meksiku.
Putovao je u Novu Španiju 1736. Tokom osam godina boravka posvetio se istraživanju ukazanja Djevice od Guadalupe, prikupljajući značajan grafički i piktografski materijal. Promovira krunisanje imidža Guadalupana, što uzrokuje nepovjerenje u viceregalne vlasti. Zarobljen je i oduzeta mu je kolekcija. Mjesecima kasnije, nakon što je deportiran u Španiju, ukrcava se na brod koji pada u ruke pirata koji su ga napustili u Gibraltaru.
S velikim radovima stigao je u Španiju i stupio u kontakt sa kolekcionarom Marianom Fernándezom de Echeverríay Veytijom koji je postigao oslobađajuću presudu imenovanjem za Kraljevskog kroničara Indije, što je položaj koji je Boturini odbio da bi se posvetio pisanju o istoriji autohtonih naroda. Iako nikada nije oporavio svoju kolekciju, na njoj je napisao Katalog indijskog muzeja. Njegov rad je vrlo originalan i dobro dokumentovan. Umro je u Madridu nesigurnog datuma, između 1750. i 1755. godine.
