Hidalgo je krenuo prema Aguascalientesu i krenuo prema Zacatecasu. Iz Zacatecasa, Hidalgo je prošao Salinas, Venado, Charcas, Matehuala i Saltillo.
Ovdje je utvrđeno da su glavni vođe, s najboljim trupama i novcem, otišli u Sjedinjene Države. Već na putu, rojalisti su ih zarobili 21. marta u Norias del Baján ili Acatita del Baján. Hidalgo je odveden u Monclovu, odakle je 26. marta otišao kroz Alamo i Mapimí, a 23. ušao u Chihuahua. Tada je formiran postupak, a 7. maja uzeta je prva izjava. Crkvena priroda Hidalga dovela je do toga da se njegovo suđenje odgađa više od suđenja njegovim suputnicima, a kazna za ponižavanje proglašena je 27. jula, a 29. jula pogubljen je u Kraljevskoj bolnici u kojoj je Hidalgo bio zatvoren. Ratno vijeće osudilo je zatvorenika da bude stavljen na oružje, a ne na javno mjesto poput njegovih saputnika, i pucajući mu u prsa, a ne u leđa, čime je sačuvao glavu. Hidalgo je rečenicu čuo mirno i pripremio se za smrt.
Njegov posljednji dan opisan je na sljedeći način: „Vrativši se u zatvor, služio mu je čokoladni doručak, i uzevši ga, molio je da mu se umjesto vode posluži čaša mlijeka, što je završio s izvanrednim iskazivanjem apetita i zadovoljstva. Trenutak kasnije rečeno mu je da je došlo vrijeme za mučenje; Čuo je to bez promjene, ustao i izjavio da je spreman za polazak. U stvari, izašao je iz gnusne kocke u kojoj se nalazio i, pomaknuvši se petnaest ili dvadeset koraka od nje, na trenutak se zaustavio, jer ga je policajac straže pitao da li mu se nudi nešto da posljednji odbaci; Na to mu je odgovorio da, da želi da mu donesu slatkiše koje je ostavio na jastucima: doista su ih donijeli i podijelivši ih istim vojnicima koji su trebali pucati na njega i marširali iza njega, ohrabrio ih je i utješio svojim oproštenjem i njegove najslađe riječi da rade svoj posao; A kako je vrlo dobro znao da mu je naređeno da ne puca u glavu i bojao se da će puno patiti, jer je još bio sumrak i predmeti se nisu jasno vidjeli, zaključio je rekavši: „Desna ruka koju ću staviti na prsa bit će mi , djeco moja, sigurna meta do koje morate ići ”.
„Klupa mučenja postavljena je tamo u unutrašnjem toralu navedene škole, za razliku od onoga što je urađeno sa ostalim junacima, koji su pogubljeni na malom trgu iza spomenute zgrade i tamo gdje je danas spomenik. to nas podsjeća na njega i novi tržni centar koji je nosio njegovo ime; i kad je Hidalgo znao za mjesto na koje je upućen, krenuo je čvrstim i smirenim korakom, ne dopuštajući da mu se povežu oči, moleći se snažnim i žarkim glasom psalam Miserere me; Stigao je do odra, poljubio ga rezignirano i s poštovanjem, i uprkos nekim prepirkama zbog kojih nije sjedio okrenutih leđa, zauzeo je mjesto okrenuto sprijeda, stavio ruku na srce i podsjetio vojnike da je to tačku na koju bi trebali pucati u njega, a trenutak kasnije eksplodirao je salva od pet pušaka, od kojih je jedna efikasno probila desnu ruku, a da nije povrijedila srce. Junak je, gotovo neustrašiv, napeo svoju molitvu, a njihovi su glasovi utihnuli kad je ponovo detonirano još pet puščanih njuški, čiji su meci, prolazeći pored tijela, raskinuli veze koje su ga vezale za klupu, a čovjek je pao u jezero od krvi još nije umro; bila su potrebna još tri metka da bi se okončalo to dragocjeno postojanje, koje je poštovalo smrt više od 50 godina. "
Sunce se jedva rodilo kad se već postavilo za javnost, na stolici i na znatnoj visini, i to upravo sa njegove vanjske strane. Njegova glava, s glavama Allendea, Aldame i Jiméneza, bile su smještene u željezne kaveze u uglovima Alhóndige de Granaditas u Guanajuatu. Tijelo je pokopano u trećem redu San Francisca de Chihuahua, a trup i glava 1824. godine doneti su u Meksiko, da bi bili sahranjeni s velikom svečanošću.
