Pokrštavanje jakija bilo je ono što je omogućilo da se religiozni narod proširi 1609. godine, prodirući na teritoriju Sonore.
Tokom kolonije, Sonora je odgovarala samo padinama Sierra Madre Occidental uključenim u granice tog entiteta. Regija koja je tekla sjeverno od rijeke Yaqui, uključujući Real de la Cieneguilla, zvala se Pimería Baja, a najsjevernija regija od tog Reala do rijeke Colorado - već u sadašnjoj sjevernoameričkoj državi Arizona - Pimería Alta.
Sadašnja teritorija Sonora također uključuje malu regiju na jugozapadu tada poznate pod nazivom Pimeria, smještenu u državi Chihuahua i Ostimuri, mjestu smještenom na obalama Kalifornijskog zaljeva, između rijeka Mayo i Yaqui.
1614. godine misionari Pérez de Rivas i Pedro Méndez kristijanizirali su Maje na području Ostimurija, podijelivši misiju na tri okruga: Santa Cruz (na ušću Majo), Navojoa i Tesia.
Tepahue su uklopljeni zajedno sa Cornicarisima 1620. godine. Otac Miguel Godínez osnovao je misije San Andrés de Cornicari i Asunción de Tepahui . Iste godine osnovan je Rektorat San Ignacio, koji je pored pet prethodno spomenutih misija obuhvaćao i misije Bacúm, Torín i Rahún, smještene na ušću Yaquija.
1617. godine roditelje Pérez de Rivas i Tomás Basilio preobratili su Yaquis-e. Uprkos pretrpljenim ustancima, neredima, mukama i ubistvima, obraćenje Sonore bilo je brže i sigurnije. Do 17. vijeka jezuiti su se proširili i osnovali misiju Maycobe i Yecore u jugozapadnom dijelu onoga što su znali kao Chínipas.
Misije od rijeke Yaqui na sjeveru bile su podijeljene u četiri rektorijuma: San Borja grupirao je misije: Cucumaripa i Tecoripa , osnovana 1619; Movas i Onovas, 1622. godine; Sahuaripa 1627; Matape 1629; Onapa 1677. i Arivechi , 1727. godine. Rektorat tri sveta mučenika Japana koji je obuhvaćao Batuco osnovan 1627. godine, Oposura 1640. i Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca i San Miguel Bavispe , osnovan 1645. I rektorat San Javier koji je integrirao misije Uresa 1636; Aconchi, Opodepe i Banámichi 1639; Cucurpe i Arizpe 1648. i Cuaquiárachi 1655.
1687. godine misionar Eusebio Francisco Kino ušao je u Pimería Alta i započeo misije rektorata Nuestra Señora de los Dolores, osnovavši: Caborca, kojoj je dodijeljen Francisco Javier Saeta koji održava prepisku s njegovom duhovnom podrškom, ocem Kino; Atil, Tubutama, Žalosna Gospa de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera i Imuris.
Nakon protjerivanja jezuita, misije su prepuštene franjevcima, koji više nisu gradili, već su se ograničili samo na pokušaj očuvanja postojećih. Jednom kad su jezuiti već uspostavili naselja u Sinaloi i Sonori, okrenuli su pogled ka kalifornijskoj teritoriji.
