Hidalgo je krenuo prema Aguascalientesu i krenuo prema Zacatecasu. Ovdje je utvrđeno da su glavni vođe, s najboljim trupama i novcem, otišli u Sjedinjene Države.
Jednom kad su krenuli, rojalisti su ih zarobili 21. marta u Norias del Baján ili Acatita del Baján. Hidalgo je odveden u Monclovu, odakle je 26. marta otišao kroz Alamo i Mapimí, a 23. ušao u Chihuahua. Tada je formiran postupak, a 7. maja uzeta je prva izjava. Crkveni karakter Hidalga uzrokovao je da se njegov postupak odgađa više nego postupak njegovih drugova.
Kazna za poništenje proglašena je 27. jula, a 29. jula izvršena je u Kraljevskoj bolnici u kojoj je bio zatvoren Hidalgo. Ratno vijeće osudilo je zatvorenika da bude stavljen na oružje, a ne na javno mjesto poput njegovih saputnika, i pucajući mu u prsa, a ne u leđa, čime je sačuvao glavu. Hidalgo je rečenicu čuo mirno i pripremio se za smrt.
Njegov posljednji dan opisan je na sljedeći način: „Još u zatvoru poslužili su mu čokoladni doručak i uzevši ga, preklinjao je da mu se umjesto vode posluži čaša mlijeka, što je završio s izvanrednim pokazivanjem apetita i zadovoljstva. Trenutak kasnije rečeno mu je da je došlo vrijeme za mučenje; čuo je to bez izmjena, ustao na noge i izjavio da je spreman za polazak. U stvari, izašao je iz gnusne kocke u kojoj se nalazio i, pomaknuvši se petnaest ili dvadeset koraka od nje, na trenutak se zaustavio, jer ga je policajac straže pitao da li mu se nudi nešto da posljednji odbaci; Na to mu je odgovorio da, da želi da mu donesu slatkiše koje je ostavio na jastucima: doista su ih donijeli i podijelivši ih istim vojnicima koji su trebali pucati na njega i marširali iza njega, ohrabrio ih je i utješio svojim oproštenjem i njegove najslađe riječi da ispune svoju dužnost; A kako je vrlo dobro znao da mu je naređeno da ne puca u glavu i bojao se da će puno patiti, jer je još bio sumrak i predmeti se nisu jasno vidjeli, zaključio je rekavši: „Desna ruka koju ću staviti na prsa bit će mi , djeco moja, sigurna meta do koje morate ići ”.
„Klupa mučenja postavljena je tamo u unutrašnjem toralu navedene škole, za razliku od onoga što je urađeno sa ostalim junacima, koji su pogubljeni na malom trgu iza spomenute zgrade i tamo gdje je danas spomenik. to nas podsjeća na njega i novi tržni centar koji je nosio njegovo ime; i kad je Hidalgo znao za mjesto na koje je upućen, krenuo je čvrstim i smirenim korakom, ne dopuštajući da mu se povežu oči, moleći se snažnim i žarkim glasom psalam Miserere me; Stigao je do odra, poljubio ga rezignirano i s poštovanjem, i uprkos nekim prepirkama zbog kojih nije sjedio okrenutih leđa, zauzeo je mjesto okrenuto sprijeda, stavio ruku na srce i podsjetio vojnike da je to tačku na kojoj bi trebali pucati u njega, a trenutak kasnije eksplodirao je salva od pet pušaka, od kojih je jedna efektivno probila desnu ruku ne udarajući u srce. Junak je, gotovo neustrašiv, napeo svoju molitvu, a njihovi su glasovi utihnuli kad je ponovo detonirano još pet puščanih njuški, čiji su meci, prolazeći pored tijela, raskinuli veze koje su ga vezale za klupu, a čovjek je pao u jezero od krvi, još nije umro; bila su potrebna još tri metka da bi se zaključilo to dragocjeno postojanje, koje je poštovalo smrt više od 50 godina. "
Njegova glava, s glavama Allendea, Aldame i Jiméneza, bile su smještene u željezne kaveze na uglovima Alhóndiga de Granaditas u Guanajuatu. Tijelo je pokopano u trećem redu San Francisca de Chihuahua, a trup i glava 1824. godine doneti su u Meksiko, da bi bili sahranjeni s velikom svečanošću.
