Stalni upadi španskog osvajača Don Nuño Beltrána de Guzmana prema zapadnim zemljama zemlje, kako bi se povećala njegova vlast i moć nad tim teritorijama, rezultirali su uspostavljanjem nove provincije nazvane Kraljevina Nova Galicija.
Regija je bila naseljena raznim autohtonim skupinama, koje su neprestano pustošile naselja koja su Španci u njoj osnivali. Poručnik Nuño de Guzmán, kapetan Juan B. de Oñate dobio je naredbu da smiri te provincije i da osnuje Villa de Guadalajara u mjestu zvanom Nochistlán, što je činjenica koju je konzumirao 5. januara 1532. S obzirom na česte napade domorodaca na grad morao se preseliti godinu dana kasnije u Tonalu, a kasnije u Tlacotlán. Treći transfer izvršen je za naseljavanje grada u dolini Atemajac, gdje je grad definitivno osnovan 14. februara 1542. godine uz prisustvo Cristóbala de Oñatea kao guvernera Nove Galicije i don Antonija de Mendoze, tadašnji potkralj Nove Španije, koji je imenovao Miguela de Ibarru za gradonačelnika i namjesnika guvernera.
Grad se brzo razvijao i počeo se nadmetati s gradom Compostele (danas Tepic), koja je tada bila sjedište vjerskih i građanskih vlasti, tako da su stanovnici Guadalajare vršili takav pritisak na vlasti Audiencije da je kralj Felipe II je odlučio izdati Cedulu od 10. maja 1560. o premještanju iz Compostele u Guadalajaru, katedralu, Kraljevski dvor i zvaničnike Riznice.
Urbana struktura bila je planirana prema strukturi ostalih kolonijalnih gradova, pa je njen izgled razvijen u obliku šahovske ploče s trga San Fernando. Kasnije je Fray Antonio de Segovia osnovao susjedstva Mexicaltzingo i Analco, te susjedstvo Mezquitán, jedno od najstarijih. Podignute su i kuće gradske vijećnice, nasuprot sadašnjem hramu San Agustín i prvoj župnoj crkvi u kojoj se nalazi Palata pravde.
Danas, veličanstveni grad, plodan kolonijalnim zgradama, pokazuje čitav niz relevantnih arhitektonskih primjera, kao što je katedrala, mjesto koje je potrebno posjetiti, a sagradio ga je arhitekt Martín Casillas između 1561. i 1618. godine. Njegov stil klasificiran je kao početni barok. Njegova čvrsta struktura uzdiže se ispred današnje Plaza de Guadalajara, sa znatiželjnim kulama koje su, iako ne pripadaju izvornom stilu zgrade, trenutno prepoznate kao simbol glavnog grada Guadalajare. Primitivne kule uništene su u 19. stoljeću zemljotresom, zbog čega su dodane i one koje danas ima. Unutrašnjost hrama je polugotičkog stila, uključujući i svodove izrađene od čipke.
Ostala vjerska područja iz 16. stoljeća su samostan San Francisco, osnovan 1542. godine u blizini rijeke, u četvrti Analco, i gotovo potpuno uništen u reformaciji. Očuvan je njegov hram, obnovljen krajem 17. vijeka, sa baroknom fasadom skromnih solomonskih linija. Samostan San Agustín, osnovan je 1573. godine kraljevskom uredbom Felipea II i trenutno čuva svoj hram s fasadom oštrih hererijanskih linija i unutrašnjošću s rebrastim svodovima.
Santa María de Gracia, još jedan od samostanskih temelja, zauzele su dominikanske časne sestre iz Pueble, sagrađene 1590. godine ispred Plaza de San Agustín, a platio Hernán Gómez de la Peña. Konstrukcija je zauzela šest blokova, iako danas opstaje samo njen hram, sa neoklasičnom fasadom iz druge polovine 18. vijeka.
